国务院学位委员会办公室决定自2003年起工程硕士专业学位研究生入学考试采取两段制办法：
第一阶段，考生参加由国家统一组织的工程硕士专业学位研究生入学资格考试(英文名称为Graduate Candidate Test for Master of Engineering，简称“GCT-ME”)。主要测试考生的综合素质。培养工程硕士专业学位研究生的高等学校可根据本校的实际情况自行确定本校的“GCT-ME”合格分数线。
第二阶段，“GCT-ME”成绩合格的考生持本人的“GCT-ME”成绩单，到所报考的院校申请参加该校自行组织的综合测试。各高等学校根据考生的"GCT-ME"成绩和综合测试结果录取考生。
“GCT－ME”为全国统一组织的考试。该试题由四部分构成：语言表达能力测试、数学基础能力测试、逻辑推理能力测试和外语运用能力测试。试题知识面覆盖哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、军事学、管理学各门类。通过测试考生所掌握的必要的知识，比较全面地考察考生多种能力水平和反应速度;“GCT-ME”考试中四部分各为45分钟，总计3个小时。试题全部采用客观选择题，有阅读理解、分析判断、数理解题、逻辑推理等。答题形式为选择、问答和填空等。入学资格考试成绩为各招生单位在进行工程硕士研究生录取工作时提供了一个重要参考依据。采取不划定全国统一的“GCT-ME”合格分数线，各招生单位自主招生录取的办法进行。各招生单位可根据本校的实际情况自行确定报考本校考生应达到的“GCT-ME”考试成绩标准，并对合乎标准的考生进行综合测试（专业考试和综合面试）。最后，根据“GCT-ME”和专业考试成绩，以及综合面试情况决定是否录取。“GCT-ME”成绩的有效期暂定为两年。
为配合“GCT-ME”考试，国务院学位委员会办公室组织专家编写了《工程硕士专业学位研究生入学资格考试指南》，由科学技术文献出版社出版。《指南》是工程硕士生入学考试统一命题的依据，是各院校进行考前辅导的重要参考，并可作为应试者复习和备考的重要借鉴。
同时为配合《工程硕士专业学位研究生入学资格考试指南》,全国工程硕士专业学位教育指导委员会委托清华大学组织编写了《工程硕士专业学位研究生入学资格考试考前辅导教程》,由清华大学出版社出版。《教程》是各院校配合《指南》进行考前辅导的重要参考，并可作为应试者复习和备考的重要借鉴。